Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) 및 subsp. vincentii ATCC 49256^(T) 균주 특이 중합효소연쇄반응 프라이머 개발

Abstract

본 연구는 Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) 및 F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T)에 대한 균주 특이 PCR 프라이머를 개발하기 위하여 시행하였다. 각각의 균주에 대한 PCR 프라이머는 Fp4, Fs17 및 Fv35 DNA probes의 핵산염기서열을 바탕으로 설계 및 제작되었으며, 이들 프라이머들의 균주 특이성은 10개의 Fusobacterium 속(family)에 속하는 종(species) 또는 아종(subspecies) 표준균주, 36 균주의 한국인에서 분리 동정된 F. nucleatum 임상균주 및 Fusobacterium 속이 아닌 5 종류 세균 종의 표준균주를 대상으로 시행하였다. 이들 프라이머들의 민감도는 각각의 균주 지놈 DNA를 2 ng에서 2 fg까지 10배씩 희석하여 PCR를 시행하여 조사하였다. 연구결과 세 종류의 프라이머 쌍(Fp4-F2/Fp4-R2, Fs17-F14/Fs17-R14 및 Fv35-F1/Fv35-R1 PCR)들은 각각 F. nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) 및 F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T)균주에 대한 특이성이 있었다. 민감도 test 결과, Fp4-F2/Fp4-R2, Fs17-F14/Fs17-R14 및 Fv35-F1/Fv35-R1 프라이머 쌍들은 각각 F. nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) 및 F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T) 균주 지놈 DNA의 20 pg, 200 fg 및 2 fg까지 검출할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때, 본 연구에서 개발된 세 가지 프라이머 쌍들 Fp4-F2/Fp4-R2, Fs17-F14/Fs17-R14 및 Fv35-F1/Fv35-R1은 F. nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) 및 F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T)를 균주-특이적으로 검출할 수 있어 이들의 병인론 연구 및 균주들의 보존적 측면에서 유용하게 이용 가능하리라 사료된다.|The objective of this study was to develop strain-specific PCR primers for the Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) and F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T) based on the nucleotide sequences of previously reported subsp.-specific DNA probes, Fp4, Fs17 and Fv35, respectively. The strain-specificity was tested against 10 type strains of Fusobacterium spp. or subsp., 36 clinical isolates of F. nucleatum from Koreans, and 5 type strains of nonFusobacterial species. The primer sensitivity was determined by testing serial dilutions (2 ng to 2 fg) of the purified genomic DNA of each type strains. The PCR results showed the 3 pairs of PCR primers(Fp4-F2/Fp4-R2, Fs17-F14/Fs17-R14 and Fv35-F1/Fv35-R1), based on the Fp4, Fs17 and Fv35 nucleotide sequences, could produce the strain-specific amplicons from F. nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) and F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T), respectively. Regarding sensitivity, Fs17-F14/Fs17-R14 and Fv35-F1/Fv35-R1 could detect as little as 200 fg and 2pg of each target strains' genomic DNA. The sensitivity of Fp4-F2/Fp4-R2 was 20 pg. These results indicate that the Fp4-F2/Fp4-R2, Fs17-F14/Fs17-R14 and Fv35-F1/Fv35-R1 could be useful for the identification of Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953^(T), F. nucleatum subsp. fusiforme ATCC 51190^(T) and F. nucleatum subsp. vincentii ATCC 49256^(T), especially in ascertaining the authenticity of the strains.