Prevotella intermedia 및 Prevotella nigrescens의 동정을 위한 DNA 프로브의 특이성

Abstract

선행연구에서 P. intermedia와 P. nigrescens를 종 수준에서 동시에 검출 및 동정할 수 있는 DNA 프로브일 것으로 생각되는 Pn17, Pn19 및 Pn34 DNA 프로브들의 특이성을 평가하기 위하여, 이들 DNA 프로브들의 핵산염기서열을 결정하고, 한국인의 구강 내에서 분리 및 검출된 P. intermedia와 P. nigrescens 임상 분류 균주의 지놈 DNA를 추출하여 HindIII 또는 PstI 제한효소로 절단한 다음 통법의 Southern blot analysis를 시행하였다. Pn17 DNA 프로브는 2,515 bp의 핵산염기서열로 구성되어 있고, RNA polymerase beta subunit를 암호화하고 있는 것으로 조사되었으며, HindIII 및 PstI 제한효소를 이용하여 P. intermedia와 P. nigrescens를 종 수준에서 동시에 검출할 수 있었다. Pn34 DNA 프로브는 1,919 bp의 핵산염기서열로 구성되어 있고, RNA polymerase beta' subunit를 암호화하고 있는 것으로 조사되었으며, HindIII 제한효소를 이용하여 P. intermedia와 P. nigrescens를 종 수준에서 동시에 검출할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때, Pn17 및 Pn34 DNA 프로브들은 P. intermedia와 P. nigrescens를 종 수준에서 동시에 검출 및 동정할 수 있는 좋은 도구로 사용할 수 있을 것으로 사료된다.|The 3 DNA probes (Pn17, Pn19, and Pn34) were cloned in order to detect P. intermedia and P. nigrescens simultaneously by Southern blot analysis. In that study, the specificity of the DNA probes was tested with only 2 type strains and 1 reference strain. The aim of this study was to evaluate the specificity of the DNA probes with the clinical strains of P. intermedia and P. nigrescens isolated from Koreans. The whole-genomic DNAs of P. intermedia and P. nigrescens were isolated and purified. The HindIII- or PstI-digested genomic DNAs from the strains were electrophoresed in 0.8% agarose gel and transferred onto a nylon membrane. The nylon membrane was hybridized with a DIG-labeled DNA probe. The data showed that the DNA probes, Pn17 (2,515 bp; RNA polymerase beta subunit) and Pn34 (1,919 bp; RNA polymerase beta' subunit), reacted with both HindIII- and PstI-digested genomic DNAs from the strains used in this study. Interestingly, each of the hybrid bands generated in the HindIII-digested genomic DNAs of two species could distinguish the two species by the restriction fragment length polymorphism. This indicates that the DNA probes, Pn17 and Pn34, are useful for the simultaneous detection and identification of P intermedia and P nigrescens.