Fusobacterium nucleatum ATCC 25586에 대한 균주-특이 DNA 프로브의 특이성 평가
- Author(s)
- 송수근
- Issued Date
- 2004
- Abstract
- Fu12 DNA 프로브의 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586T에 대한 균주-특이성을 한국인에서 분리 동정된 17 개의 F. nucleatum 임상균주들을 대상으로 증명하고, Fu12 프로브의 핵산염기서열을 결정하여 이를 바탕으로 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주 특이 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하고자 본 연구를 시행하였다. 그 결과, Fu12 DNA 프로브는 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주-특이적임을 Southern blot analysis 결과로 알 수 있었다. 핵산염기서열결정 결과 Fu12 DNA 프로브는 2,444 bp로 구성되어 있었으며, DNA-repair 단백질, 부분적인 hypothetical protein FN0449과 부분적인 NIFS 단백질들이 암호화되어 있음을 알 수 있었다. 또한 Fu12 DNA 프로브 핵산염기서열을 바탕으로 설계된 Fu12-F1와 Fu12-R1 중합효소연쇄반응 프라이머도 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주에 대한 특이성이 있었다. 이상의 결과를 요약하면, 본 연구에서 개발된 Fu12 DNA 프로브 및 Fu12-F1와 Fu12-R1 중합효소연쇄반응 프라이머는 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주를 특이적으로 동정할 수 있기 때문에 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 것으로 생각된다.|The aim of this study was to evaluate the strain-specificity of the DNA probe, Fu12, for F. nucleatum ATCC 25586^(T) and to develop a strain-specific polymerase chain reaction (PCR) primer based on the nucleotide sequence of Fu12. The strain-specificity was tested against 21 F. nucleatum strains and 2 different Fusobacterium species. Whole-genomic DNAs of the bacteria used in this study were isolated and purified. The HindIII-digested genomic DNAs from the strains were electrophoresed in 0.8% agarose gel and transferred onto a nylon membrane. The nylon membrane was hybridized with the DIG-labeled DNA probe. The nucleotide sequencing of Fu12 was performed using the dideoxy chain termination method. The PCR primer (Fu12-F1 and Fu12-R1) was designed using the PrimerSelect computer program based on the nucleotide sequence of Fu12. Southern blot analysis showed that the Fu12 reacted with only the HindIII-digested genomic DNA of F. nucleatum ATCC 25586^(T). The PCR data also showed that strain-specific amplicons were obtained from only F. nucleatum ATCC 25586^(T). This indicates that the Fu12 and the Fu12-F1 and Fu12-R1 primers are useful for identifying F. nucleatum ATCC 25586^(T), particularly in the maintenance of the strain.
- Alternative Title
- Evaluation of the strain-specificity of the DNA probe for Fusobacterium nucleatum ATCC 25586
- Alternative Author(s)
- Song, Soo Keun
- Affiliation
- 조선대학교 대학원
- Department
- 일반대학원 치의학과
- Advisor
- 국중기
- Awarded Date
- 2005-02
- Table Of Contents
- 목차
표목차 = ⅱ
도목차 = ⅲ
영문초록 = ⅳ
Ⅰ. 서론 = 1
Ⅱ. 연구 재료 및 방법 = 3
1. 세균의 배양 = 3
2. 세균의 genomic DNA의 추출 = 4
3. Plasmid DNA 추출 = 4
4. DNA probe의 정제 및 표지 = 4
5. Southern blot hybridization 및 chemiluminescent detection = 5
6. DNA 프로브들의 핵산염기서열결정 = 6
7. 중합효소연쇄반응 프라이머의 설계 및 제작 = 6
8. 최적의 annealing 온도의 측정 = 8
9. 특이도 및 민감도의 측정 = 8
Ⅲ. 연구결과 = 9
Ⅳ. 총괄 및 고안 = 14
Ⅴ. 결론 = 16
참고문헌 = 17
- Degree
- Master
- Publisher
- 조선대학교 대학원
- Citation
- 송수근. (2004). Fusobacterium nucleatum ATCC 25586에 대한 균주-특이 DNA 프로브의 특이성 평가.
- Type
- Dissertation
- URI
- https://oak.chosun.ac.kr/handle/2020.oak/5563
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Appears in Collections:
- General Graduate School > 3. Theses(Master)
- Authorize & License
-
- AuthorizeOpen
- Embargo2005-10-13
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