Fusobacterium nucleatum ATCC 25586에 대한 균주-특이 DNA 프로브의 특이성 평가

Abstract

Fu12 DNA 프로브의 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586T에 대한 균주-특이성을 한국인에서 분리 동정된 17 개의 F. nucleatum 임상균주들을 대상으로 증명하고, Fu12 프로브의 핵산염기서열을 결정하여 이를 바탕으로 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주 특이 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하고자 본 연구를 시행하였다. 그 결과, Fu12 DNA 프로브는 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주-특이적임을 Southern blot analysis 결과로 알 수 있었다. 핵산염기서열결정 결과 Fu12 DNA 프로브는 2,444 bp로 구성되어 있었으며, DNA-repair 단백질, 부분적인 hypothetical protein FN0449과 부분적인 NIFS 단백질들이 암호화되어 있음을 알 수 있었다. 또한 Fu12 DNA 프로브 핵산염기서열을 바탕으로 설계된 Fu12-F1와 Fu12-R1 중합효소연쇄반응 프라이머도 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주에 대한 특이성이 있었다. 이상의 결과를 요약하면, 본 연구에서 개발된 Fu12 DNA 프로브 및 Fu12-F1와 Fu12-R1 중합효소연쇄반응 프라이머는 F. nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586^(T) 균주를 특이적으로 동정할 수 있기 때문에 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 것으로 생각된다.|The aim of this study was to evaluate the strain-specificity of the DNA probe, Fu12, for F. nucleatum ATCC 25586^(T) and to develop a strain-specific polymerase chain reaction (PCR) primer based on the nucleotide sequence of Fu12. The strain-specificity was tested against 21 F. nucleatum strains and 2 different Fusobacterium species. Whole-genomic DNAs of the bacteria used in this study were isolated and purified. The HindIII-digested genomic DNAs from the strains were electrophoresed in 0.8% agarose gel and transferred onto a nylon membrane. The nylon membrane was hybridized with the DIG-labeled DNA probe. The nucleotide sequencing of Fu12 was performed using the dideoxy chain termination method. The PCR primer (Fu12-F1 and Fu12-R1) was designed using the PrimerSelect computer program based on the nucleotide sequence of Fu12. Southern blot analysis showed that the Fu12 reacted with only the HindIII-digested genomic DNA of F. nucleatum ATCC 25586^(T). The PCR data also showed that strain-specific amplicons were obtained from only F. nucleatum ATCC 25586^(T). This indicates that the Fu12 and the Fu12-F1 and Fu12-R1 primers are useful for identifying F. nucleatum ATCC 25586^(T), particularly in the maintenance of the strain.