CHOSUN

Taxonomy and Phylogeny of the Coralline Algae Lithothamnion and Phymatolithon (Hapalidiaceae, Rhodophyta)

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Author(s)
정소영
Issued Date
2017
Abstract
산호조류는 세포벽에 탄산칼슘을 방해석 형태로 침적하여 돌과 같이 매우 딱딱한 엽체를 가지는 유일한 해조류로써 홍조류로 분류되고 있다. 이들은 해양에서 산호초 군락이 형성되는데 기질로써 암반을 단단하게 다지는 역할을 하며, 많은 해양생물들에게 서식처 및 은신처를 제공하여 생물다양성의 보고로 알려지고 있으며, 바다로 유입되는 다량의 이산화탄소를 탄산칼슘화하여 세포벽에 침적시켜 바다의 화학평형을 유지하는데 일조하고 있고 지질연대를 파악하는데도 유용한 재료로 이용되고 있는 매우 중요한 해양식물이다. 하지만 산호조류는 단단한 외부형태, 채집의 어려움, 형태적 단순함 때문에 많은 분류학적 접근으로부터 소외되었던 그룹이다. 현재까지 한국에서 보고된 산호조류 대부분이 분포론적 연구에 국한되어 목록만을 수록하고 있을 뿐이며 자세한 분류학적 고찰이 부족하다. 하지만 최근 분자분석이 용이해짐에 따라 전 세계적으로 산호조류에 대한 분류학적 연구가 집중되고 있다. 따라서 기존의 보고된 산호조류 종들에 대한 분류학적 재검토와 종간 또는 속간의 한계를 명확히 할 수 있는 구체적인 형태학적 형질 분석과 계통학적 연구가 절실하다고 생각되어 연구를 진행하게 되었다. 본 연구는 전 세계에서 채집된 다양한 산호조류 중 Hapalidiaceae에 속하는 주요 속인 쩍속(Lithothamnion)과 바위혹속(Phymatolithon)에 대하여 자세한 형태/해부학적 고찰과 염기서열을 분석하였다. 또한 노르웨이 박물관으로부터 관련된 기준표본들을 대여하여 함께 비교 분석하였다. 2014년부터 2017년까지 총 10개국, 50개의 채집지로부터 채집된 196개의 쩍속(Lithothamnion)과 바위혹속(Phymatolithon) 샘플들에 대한 연구를 수행한 결과 이들은 각 그룹별로 형태적으로 매우 이질적이었으며 분자분석에서도 다계통군을 형성하는 것을 확인하였다. 분자분석 결과, 기존에 하나의 그룹인 줄 알았던 쩍속(Lithothamnion)은 총 3개의 그룹으로 나뉘어 2개의 신속 (Foselia gen. nov., Neolithon gen. nov.)을 추가하였고, 바위혹속(Phymatolithon)은 2개의 그룹으로 나뉘어 1개의 신속 (Phymatolithopsis gen. nov.)을 제안하였다. 그 중, Hapalidiaceae내의 주요 속 (genus)으로 알려졌던 Lithothamnion이 Hapa-lidiaceae로부터 독립적으로 분기되는 것을 확인하였고 또한 산호말홍조아강 (Corallinophycidae)에 속하는 그 어떤 그룹과도 구별된다는 것을 인식하였다. 따라서, 쩍속(Lithothamnion)의 기준종인 Lithothamnion muelleri의 형질을 재검토하여 쩍속(Lithothamnion)을 한정하는 형질들을 개정하였고 이에 대해 기존에 제명되었던 쩍과 (Lithothamniaceae)를 재정립하고 새로운 목인 쩍목 (Lithothamniales)을 제안하였다. 산호말홍조아강 (Corallinophycidae)에 속한 과 (family)와 목 (order)들은 근접한 세포들간의 연결 형태, 사분포자의 분열형태, 사분포자낭의 형태에서 주로 차이를 보이는데, 쩍속(Lithothamnion) 역시 상위분류군 사이에서 나타나는 수준의 큰 형태적 차이를 보였다. 또한 Lithotham-nion muelleri 와 계통적으로 근연관계로 묶인 Corallinapetra novaezelandiae를 Lithothamnion으로 이명 처리하였다. 기존에 Lithothamnion으로 인식되었던 많은 종들은 Hapalidiaceae내에서 크게 두 개의 신분류군으로 인식되었다. 이 중 신속 Foselia는 4개의 신종, 4개의 개명종, 1개의 품종으로 총 9개의 종으로 구성되었다. 신속 Neolithon은 2개의 신종, 1개의 개명종으로 구성되었다. 본 연구를 통해 바위혹속(Phymatolithon)은 두 그룹으로 인식되었다. 기존의 바위혹속(Phymatolithon)에 대하여 형질을 추가하여 속의 범위를 더 명확하게 한정시켰다. 바위혹속(Phymatolithon)은 추가적으로 8종의 신종을 기재하였고 기준표본의 분석에 바탕하여 3종을 동종으로 개정하고 하나의 품종을 종 수준으로 승격시켰다. 신속 Phymatolithopsis은 5종의 신종, 2개의 개명종을 포함하며 총 7종으로 구성되었다. 따라서, 본 연구에서 1 신목, 1 과가 재정립되었으며, 2개의 그룹인 줄 알았던 쩍속(Lithothamnion)와 바위혹속(Phymatolithon)에서 3 신속, 19 신종, 10 개명종이 보고됨으로써 산호조류는 기존에 알려진 것보다 훨씬 더 다양한 종으로 구성된 그룹이며 앞으로도 많은 분류학적 연구가 필요할 것으로 사료된다.|Coralline algae are members of the Rhodophyta and are distinguished from other general algae by the presence of cell walls impregnated with calcium carbonate. Nowadays coralline algae are re-ceiving spotlights across the ecological and geological sciences as important organisms. To under-stand the impacts of coralline algae in many different fields, re-evaluation of specific and generic concepts of coralline algae are very important. In Korea, there are only distributional studies but still no detailed monographic accounts especially with non-geniculate coralline algae. In this study, I focused on two main genera Lithothamnion and Phymatolithon among 9 currently recognized genera of subfamily Melobesioideae in Hapalidiaceae. Total 196 of Lithothamnion and Phymato-lithon materials were collected from 2014 to 2017 at 71 different localities from worldwide and also several type materials loaned from the TRH museum in Norway. I generate a set of morpho-anatomical characters useful for species identification by sequencing a wide range of morphologi-cally variable specimens and statistically evaluating which morphological features gave results congruent with the molecular data. Phylogenetic analyses of COI-5P, psbA, and rbcL sequences demonstrate that Lithothamnion and Phymatolithon as currently constituted are heterogeneous group. In molecular analysis, previously known as Lithothamnion species are diverged as three major monophyletic clades: Lithothamnion, Foselia gen. nov., and Neolithon gen. nov. As a result, the generic concept of Lithothamnion is amended here based on holotype material of L. gabrieli (=L. muelleri: type species of Lithothamnion) and Corallinapetra novaezelandiae is synonymized to the genus Lithothamnion as Lithothamnion novaezelandiae comb. nov. Foselia gen. nov. pres-ently comprises four new species (three from Korea and one from America), namely F. acuminata sp. nov., F. globosa sp. nov., F. jejuensis sp. nov., and F. sandiegoensis in addition, one forma Lithothamnion australe f. tualensis is merged to F. australe f. tualensis and four Lithothamnion species (L. dehiscens, L. fornicatum, L. japonicum, L. proliferum) also moved to this new genus as F. dehiscens comb. nov., F. fornicata comb. nov., F. japonica comb. nov., and F. prolifera comb. nov. The new genus of Neolithon is described to accommodate two new species N. busanicum sp. nov., N. convexum from Korea and one combination N. californicum comb. nov. The genus Phymatolithon is separated as two lineages. One lineage is real Phymatolithon which comprises total fourteen taxa. Among them eight new species are described, namely P. africanum sp. nov., P. assimulatum sp. nov. P. coloratum sp. nov., P. concavum sp. nov., P. dosungii sp. nov., P. indi-cum sp. nov., P. koreanum sp. nov., and P. procumbens sp. nov. My phylogenetic analyses re-vealed that three species Phymatolithon notatum, P. repandum and P. tenue were conspecific based on sequencing of type materials and detailed morphological studies thus, P. tenue is selected as a suitable name. One forma Phymatolithon lenormandii f. squamulosum which was synony-mized with P. lenormandii is elevated as a species level, namely P. squamulosum stat. nov. I pro-posed a new genus Phymatolithopsis for the other lineage, presently comprises five new species, namely Ph. donghaensis sp. nov., Ph. lubrica sp. nov., Ph. rakiurensis sp. nov., Ph. suborbicularis sp. nov., and Ph. tuberosa sp. nov. Two previously known as Phymatolithon species, P. acervatum and P. ferox are merged to this new genus as Phymatolithopsis acervata comb. nov. and Ph. ferox. I present a phylogenetic analysis using sequence data obtained for three different genes (COI-5P, psbA, rbcL) with Lithothamnion and Phymatolithon species. The genus Lithothamnion is exclud-ed from all currently recognized families and orders within the Corallinophycidae. Thus, I propose new order Lithothamiales and the family Lithothamniaceae within this order.
Alternative Title
홍조 산호조류 쩍속(Lithothamnion) 및 바위혹속(Phymatolithon)의 계통 분류에 관한 연구
Alternative Author(s)
So Young Jeong
Department
일반대학원 식물학
Advisor
조태오
Awarded Date
2018-02
Table Of Contents
TABLE OF CONTENTS



ABSTRACT vii

LIST OF FIGURES x

LIST OF TABLES xvi


I. INTRODUCTION 1
1. General introduction of Coralline algae 2
2. Taxonomic history of the Coralline algae 3
3. Taxonomic history of the family Hapalidiaceae J.E.Gray 7
4. Taxonomic history of the genus Lithothamnion Heydrich 8
5. Taxonomic history of the genus Phymatolithon Foslie 10
6. Objectives 12

II. MATERIALS AND METHODS 15
1. Specimen collection 16
2. Morphological examination 29
2.1. Scanning electron microscopy (SEM) 29
2.2. Light microscopy (LM) 29
2.2.1. Preparation of solutions for store 30
2.2.2. Preparation of solutions for decalcification 30
2.2.3. Preparation of solutions for staining 31
3. Molecular analyses 32
3.1. DNA extraction, PCR amplification, purification, and sequencing 32
3.1.1. Mitochondrial-encoded Cytochrome c oxidase subunit I (COI-5P) sequence anal-
yses 32
3.1.2. Chloroplast-encoded Photosystem II protein D1 (psbA) sequence analyses 33
3.1.3. Chloroplast-encoded Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (rbcL) se-
quence analyses 34
3.2. Phylogenetic analyses 35

III. RESULTS AND DISCUSSIONS 37

PART 1. MORPHOLOGICAL FRAMEWORKS IN LITHOTHAMNION AND
PHYMATOLITHON 38

1. Morphological frameworks 40
1.1. Vegetative structures 40
1.1.1. Growth forms 40
1.1.2. Shape of epithallial cells 43
1.1.3. Size of subepithallial initials 43
1.1.4. Trichocytes 45
1.1.5. Organization of medullary filaments 46
1.2. Gametangial structures 47
1.2.1. Shape of external gametangial conceptacles 49
1.2.2. Structure of male conceptacles 50
1.2.3. Structure of female conceptacles 51
1.2.4. Presence or absence of buried gametangial conceptacles 52
1.3. Tetra/bisporangial structures 53
1.3.1. Tetra/bisporangial conceptacle primordia 53
1.3.2. Origin of tetra/bisporangia 54
1.3.3. External shape of tetra/bisporangial conceptacles 56
1.3.4. Position of pores and number of pores developing on tetra/bisporangial pore plates
57
1.3.5. Presence or absence of fusion between contiguous tetra/bisporangial conceptacles
58
1.3.6. Presence or absence of buried conceptacles and occurrence of calcified vegetative
cells within buried conceptacle chambers 59

PART 2. REVISION OF LITHOTHAMNION (HAPALIDIACEAE, RHODO-
PHYTA) BASED ON MORPHOLOGICAL AND MOLECULAR DA-
TA 61

CHAPTER 1. Systematic frameworks of Lithothamnion (Hapalidiaceae, Rhodophy-
ta) 62

CHAPTER 2. Morphology and phylogeny of Lithothamnion (Hapalidiaceae, Rhodo-
phyta) 64
1. Morphological analyses 64
1.1. Lithothamnion Heydrich 1897 emend. 64
1.2. Lithothamnion muelleri Lenormand ex Rosanoff 1866 65
1.3. Lithothamnion novaezelandiae (T.J.Farr, W.A.Nelson & J.E.Sutherland) S.Y.Jeong,
B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 70
2. Phylogenetic analyses 75
3. Discussion 79

CHAPTER 3. Morphology and phylogeny of Foselia (Hapalidiaceae, Rhodophyta)
gen. nov. 82
1. Morphological analyses 82
1.1. Foselia S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho gen. nov 82
1.2. Foselia acuminata S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 84
1.3. Foselia australe f. tualensis (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov. 90
1.4. Foselia dehiscens (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 95
1.5. Foselia fornicata (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 102
1.6. Foselia globosa S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 109
1.7. Foselia japonica (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 112
1.8. Foselia jejuensis S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 121
1.9. Foselia prolifera (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 125
1.10. Foselia sandiegoensis S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 130
2. Phylogenetic analyses 138
3. Discussion 144

CHAPTER 4. Morphology and phylogeny of Neolithon (Hapalidiaceae, Rhodophyta)
gen. nov. 148
1. Morphological analyses 148
1.1. Neolithon S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho gen. nov 148
1.2. Neolithon busanicum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 149
1.3. Neolithon californicum (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 156
1.4. Neolithon convexum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 161
2. Phylogenetic analyses 169
3. Discussion 174

PART 3. REVISION OF PHYMATOLITHON (HAPALIDIACEAE, RHODO-
PHYTA) BASED ON MORPHOLOGICAL AND MOLECULAR DA-
TA 177

CHAPTER 1. Systematic frameworks of Phymatolithon (Hapalidiaceae, Rhodophy-
ta) 178

CHAPTER 2. Morphology and phylogeny of Phymatolithon (Hapalidiaceae, Rhodo-
phyta) 180
1. Morphological analyses 180
1.1. Phymatolithon Foslie 1898 180
1.2. Phymatolithon africanum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 182
1.3. Phymatolithon assimulatum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 188
1.4. Phymatolithon calcareum (Pallas) W.H.Adey & D.L.McKibbin 1986 197
1.5. Phymatolithon coloratum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 203
1.6. Phymatolithon concavum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 208
1.7. Phymatolithon dosungii S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 215
1.8. Phymatolithon indicum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 225
1.9. Phymatolithon koreanum S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 230
1.10. Phymatolithon laevigatum (Foslie) Foslie 1898 237
1.11. Phymatolithon lenormandii (Areschoug) W.H.Adey 1966 242
1.12. Phymatolithon procumbens S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov. 253
1.13. Phymatolithon purpureum (P.Crouan & H.Crouan) Woelkerling & L.M. Irvine 1986
258
1.14. Phymatolithon squamulosum (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho stat. nov 269
1.15. Phymatolithon tenue (Rosenvinge) Düwel & Wegeberg 1996 277
2. Phylogenetic analyses 292
3. Discussion 299

CHAPTER 3. Morphology and phylogeny of Phymatolithopsis (Hapalidiaceae, Rho-
dophyta) gen. nov. 303
1. Morphological analyses 303
1.1. Phymatolithopsis S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho gen. nov 303
1.2. Phymatolithopsis acervata (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 305
1.3. Phymatolithopsis donghaensis S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 311
1.4. Phymatolithopsis ferox (Foslie) S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho comb. nov 319
1.5. Phymatolithopsis lubrica S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 326
1.6. Phymatolithopsis rakiurensis S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 331
1.7. Phymatolithopsis suborbicularis S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 338
1.8. Phymatolithopsis tuberosa S.Y.Jeong, B.Y.Won & T.O.Cho sp. nov 345
2. Phylogenetic analyses 354
3. Discussion 361

PART 4. REASSESSMENT OF TAXONOMIC STATUS OF SOME GENERA
IN HAPALIDIACEAE 363

IV. CONCLUDING REMARKS 369

REFERENCES 373

ABSTRACT IN KOREAN 389

ACKNOWLEDGEMENTS 392
Degree
Doctor
Publisher
조선대학교 일반대학원
Citation
정소영. (2017). Taxonomy and Phylogeny of the Coralline Algae Lithothamnion and Phymatolithon (Hapalidiaceae, Rhodophyta).
Type
Dissertation
URI
https://oak.chosun.ac.kr/handle/2020.oak/13399
http://chosun.dcollection.net/common/orgView/200000266530
Appears in Collections:
General Graduate School > 4. Theses(Ph.D)
Authorize & License
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  • Embargo2018-02-13
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